排污权初始分配本质上是利益的分配,初始分配涉及到环境保护行政管理机关、排污企业、社会公众等多方利益,协调、平衡各方的利益冲突,保证分配的公正是其程序建构的应有之义。在排污权的初始分配程序规则研究中,可以借鉴哈贝马斯的"商谈民主"理论,从现阶段的理论和实践情况入手,通过加强区域合作、完善流域管理和明确公众参与地位作等方面来逐步推进排污权初始分配的程序规则建构。